Come di consuetudine, il programma iconografico è da leggersi in una direzione ascensionale e trova il suo massimo compimento nella cupola, tripartita in fasce che sembrano ruote girevoli, il cui perno è il clipeo centrale con la scena del Battesimo.

La fascia-ruota inferiore (quella più esterna) è scandita in otto parti, in cui si alternano seggi vuoti (quelli dell’Etimasia, a preparazione del trono di Dio per il Giorno del Giudizio) incorniciati da viridari (giardini celesti) e altari, sui quali è deposto un Vangelo.

Nella fascia mediana possiamo invece scorgere gli apostoli (abbigliati di tunica e pallio) che, con le mani velate in segno di deferenza, recano corone; guidati dai duces Pietro e Paolo («colonne» della Chiesa); essi incedono ieratici, a passo cadenzato, musicale, in una lenta rotazione; la corona è simbolo di trionfo, quale offerta dell’aurum coronarium che i vinti portavano ai vincitori ai tempi dei Romani.

Perno della decorazione è il clipeo centrale con la scena del Battesimo, dove possiamo scorgere il Salvatore, san Giovanni Battista e la personificazione del fiume Giordano come vegliardo che emerge dalle acque tenendo in mano una verde canna palustre e nell’altra un drappo (con il quale Cristo si asciugherà); il Battista reca in mano una pàtera, anche se in origine doveva certamente poggiare la mano direttamente sulla testa di Cristo, come si usava fare (impositio manus). L’inserimento più tardo della pàtera è testimoniato dal colore più chiaro delle tessere.

Nella decorazione parietale sottostante la cupola, nei pennacchi e negli archi sopra le trifore, si scorgono elementi decorativi vegetali e zoomorfi, tra cui cantharoi dai quali nascono tralci vitinei, girali d’acanto e pavoni, tutti simbolo di vita eterna e Grazia divina redentrice e salvifica.